Negli anni 50-60 del 1500 per volere della duchessa Margherita d’Austria, moglie di Ottavio Farnese, il palazzo venne fatto costruire
nell’area dove era ubicata la Cittadella Viscontea, con lo scopo di
erigere una residenza ducale, che fosse luogo di rappresentanza e
simbolo della potenza della famiglia Farnese.

Come architetto responsabile del progetto fu incaricato Jacopo Barozzi, detto il Vignola.